NAT METHODS | 新型显微镜实现可及性基因组超分辨成像

作者丨小柯

美国霍华德休斯医学研究所Zhe Liu、加州大学伯克利分校Robert Tjian等研究人员合作,开发了用于可及性基因组超分辨成像的新型显微镜。

这一研究成果于2020年3月16日在线发表在《自然—方法学》上。

为了在纳米尺度上对可及性基因组进行原位成像,研究人员开发了转座酶可及性染色质光激活定位显微镜(3D ATAC-PALM),其将转座酶可及性染色质测定与可视化、PALM超分辨率成像以及晶格光片显微镜整合在一起。

3D ATAC-PALM与oligopaint DNA-荧光原位杂交(FISH)、RNA-FISH和蛋白质荧光多路复用,连接了显微镜和基因组数据,从而揭示了空间分隔的可及染色质域(ACD),其中包含活性染色质和转录的基因。

使用这些方法来分析遗传扰动的细胞,研究人员证明了基因组结构蛋白CTCF可以防止可及性染色质过度聚集并破坏ACD。

这些结果突显出3D ATAC-PALM是一种有用的工具,可探测基因组的结构和组织机制。

相关论文:

https://www.nature.com/articles/s41592-020-0775-2

小柯报道:

https://paper.sciencenet.cn/htmlpaper/2020/3/202031813261027655456.shtm

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